danRer10

Version: 2023-04-26

Category: igenomes

Description

Usage

To find and load available datasets:

$ module avail
$ module load datasets
$ module load igenomes/danRer10/2023-04-26

Environment Variables

Variable Name

Value

danRer10_fasta

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/UCSC/danRer10/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa

danRer10_bwa

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/UCSC/danRer10/Sequence/BWAIndex/version0.6.0/

danRer10_bowtie2

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/UCSC/danRer10/Sequence/Bowtie2Index/

danRer10_star

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/UCSC/danRer10/Sequence/STARIndex/

danRer10_bismark

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/UCSC/danRer10/Sequence/BismarkIndex/

danRer10_gtf

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/UCSC/danRer10/Annotation/Genes/genes.gtf

danRer10_bed12

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/UCSC/danRer10/Annotation/Genes/genes.bed

danRer10_mito_name

chrM

danRer10_macs_gsize

1.37e9

danRer10_HOME

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/UCSC/danRer10

RCAC_danRer10_ROOT

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/UCSC/danRer10

RCAC_danRer10_VERSION

2023-04-26