GRCz10

Version: 2023-04-26

Category: igenomes

Description

Usage

To find and load available datasets:

$ module avail
$ module load datasets
$ module load igenomes/GRCz10/2023-04-26

Environment Variables

Variable Name

Value

GRCz10_fasta

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa

GRCz10_bwa

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Sequence/BWAIndex/version0.6.0/

GRCz10_bowtie2

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Sequence/Bowtie2Index/

GRCz10_star

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Sequence/STARIndex/

GRCz10_bismark

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Sequence/BismarkIndex/

GRCz10_gtf

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Annotation/Genes/genes.gtf

GRCz10_bed12

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Annotation/Genes/genes.bed

GRCz10_mito_name

MT

GRCz10_HOME

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10

RCAC_GRCz10_ROOT

/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10

RCAC_GRCz10_VERSION

2023-04-26