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GRCz10
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Version: 2023-04-26

Category: **igenomes**

Description
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Usage
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To find and load available datasets::

    $ module avail
    $ module load datasets
    $ module load igenomes/GRCz10/2023-04-26
Environment Variables
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.. list-table::
   :header-rows: 1
   :widths: 25 75

   * - **Variable Name**
     - **Value**
   * - ``GRCz10_fasta``
     - ``/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa``
   * - ``GRCz10_bwa``
     - ``/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Sequence/BWAIndex/version0.6.0/``
   * - ``GRCz10_bowtie2``
     - ``/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Sequence/Bowtie2Index/``
   * - ``GRCz10_star``
     - ``/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Sequence/STARIndex/``
   * - ``GRCz10_bismark``
     - ``/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Sequence/BismarkIndex/``
   * - ``GRCz10_gtf``
     - ``/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Annotation/Genes/genes.gtf``
   * - ``GRCz10_bed12``
     - ``/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10/Annotation/Genes/genes.bed``
   * - ``GRCz10_mito_name``
     - ``MT``
   * - ``GRCz10_HOME``
     - ``/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10``
   * - ``RCAC_GRCz10_ROOT``
     - ``/anvil/datasets/igenomes/Danio_rerio/Ensembl/GRCz10``
   * - ``RCAC_GRCz10_VERSION``
     - ``2023-04-26``